The annotation of large scale histopathology image datasets remains a major bottleneck in developing robust deep learning models for clinically relevant tasks, such as mitotic figure classification. Folder-based annotation workflows are usually slow, fatiguing, and difficult to scale. To address these challenges, we introduce SWipeable ANnotations (SWAN), an open-source, MIT-licensed web application that enables intuitive image patch classification using a swiping gesture. SWAN supports both desktop and mobile platforms, offers real-time metadata capture, and allows flexible mapping of swipe gestures to class labels. In a pilot study with four pathologists annotating 600 mitotic figure image patches, we compared SWAN against a traditional folder-sorting workflow. SWAN enabled rapid annotations with pairwise percent agreement ranging from 86.52% to 93.68% (Cohen's Kappa = 0.61-0.80), while for the folder-based method, the pairwise percent agreement ranged from 86.98% to 91.32% (Cohen's Kappa = 0.63-0.75) for the task of classifying atypical versus normal mitotic figures, demonstrating high consistency between annotators and comparable performance. Participants rated the tool as highly usable and appreciated the ability to annotate on mobile devices. These results suggest that SWAN can accelerate image annotation while maintaining annotation quality, offering a scalable and user-friendly alternative to conventional workflows.


翻译:大规模病理图像数据集的标注仍然是开发用于临床相关任务(如有丝分裂图像分类)的鲁棒深度学习模型的主要瓶颈。基于文件夹的标注工作流程通常速度慢、易疲劳且难以扩展。为应对这些挑战,我们推出了可滑动标注(SWAN),这是一个开源、MIT许可的Web应用程序,通过滑动手势实现直观的图像块分类。SWAN支持桌面和移动平台,提供实时元数据捕获,并允许灵活地将滑动手势映射到类别标签。在一项由四位病理学家标注600个有丝分裂图像块的试点研究中,我们将SWAN与传统文件夹排序工作流程进行了比较。SWAN实现了快速标注,标注者间一致性百分比范围为86.52%至93.68%(Cohen's Kappa = 0.61-0.80),而文件夹方法在分类非典型与正常有丝分裂图像任务中的一致性百分比范围为86.98%至91.32%(Cohen's Kappa = 0.63-0.75),表明标注者间具有高度一致性且性能相当。参与者认为该工具高度可用,并赞赏其在移动设备上的标注能力。这些结果表明,SWAN能在保持标注质量的同时加速图像标注,为传统工作流程提供了可扩展且用户友好的替代方案。

0
下载
关闭预览

相关内容

国家自然科学基金
3+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
4+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
46+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2014年12月31日
Arxiv
174+阅读 · 2023年4月20日
A Survey of Large Language Models
Arxiv
495+阅读 · 2023年3月31日
VIP会员
相关论文
相关基金
国家自然科学基金
3+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
4+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
46+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2014年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员