Let $G$ be a Wheeler graph and $r$ be the number of runs in a Burrows-Wheeler Transform of $G$, and suppose $G$ can be decomposed into $\upsilon$ edge-disjoint directed paths whose internal vertices each have in- and out-degree exactly 1. We show how to store $G$ in $O (r + \upsilon)$ space such that later, given a pattern $P$, in $O (|P| \log \log |G|)$ time we can count the vertices of $G$ reachable by directed paths labelled $P$, and then report those vertices in $O (\log \log |G|)$ time per vertex.


翻译:让 G$ 成为惠勒图, $ $ 是 Burrows- Wheeler 变形时的运行量 $G$, 假设$G$可以分解成 $upsilon $ perview - discomittive 定向路径, 内部的脊椎均在度内和度外。 我们展示了如何以$O (r +\ suppilon) 空间存储 G$ ($O (r +\ suppilon) 的 美元, 以便以后, 以 $P$ ( ⁇ log\ log\ log\ ⁇ G ⁇ ) 来计算, 以 $ O (\ log\ log ⁇ G ⁇ ) 来计算, 然后将这些脊椎以 $O (\ log\ g ⁇ ) 来报告每个脊椎 。

0
下载
关闭预览

相关内容

Linux导论,Introduction to Linux,96页ppt
专知会员服务
77+阅读 · 2020年7月26日
[ICML2020]层次间消息传递的分子图学习
专知会员服务
33+阅读 · 2020年6月27日
因果图,Causal Graphs,52页ppt
专知会员服务
241+阅读 · 2020年4月19日
专知会员服务
53+阅读 · 2020年3月16日
Keras François Chollet 《Deep Learning with Python 》, 386页pdf
专知会员服务
145+阅读 · 2019年10月12日
机器学习入门的经验与建议
专知会员服务
91+阅读 · 2019年10月10日
图机器学习 2.2-2.4 Properties of Networks, Random Graph
图与推荐
10+阅读 · 2020年3月28日
分布式并行架构Ray介绍
CreateAMind
9+阅读 · 2019年8月9日
R语言自然语言处理:文本分类
R语言中文社区
7+阅读 · 2019年4月27日
动物脑的好奇心和强化学习的好奇心
CreateAMind
10+阅读 · 2019年1月26日
逆强化学习-学习人先验的动机
CreateAMind
15+阅读 · 2019年1月18日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
16+阅读 · 2018年12月24日
Disentangled的假设的探讨
CreateAMind
9+阅读 · 2018年12月10日
五个精彩实用的自然语言处理资源
机器学习研究会
6+阅读 · 2018年2月23日
分布式TensorFlow入门指南
机器学习研究会
4+阅读 · 2017年11月28日
【推荐】自然语言处理(NLP)指南
机器学习研究会
35+阅读 · 2017年11月17日
Arxiv
0+阅读 · 2021年3月24日
Arxiv
0+阅读 · 2021年3月22日
Pointer Graph Networks
Arxiv
7+阅读 · 2020年6月11日
Arxiv
100+阅读 · 2020年3月4日
Arxiv
11+阅读 · 2018年9月28日
Arxiv
8+阅读 · 2018年3月17日
VIP会员
相关VIP内容
Linux导论,Introduction to Linux,96页ppt
专知会员服务
77+阅读 · 2020年7月26日
[ICML2020]层次间消息传递的分子图学习
专知会员服务
33+阅读 · 2020年6月27日
因果图,Causal Graphs,52页ppt
专知会员服务
241+阅读 · 2020年4月19日
专知会员服务
53+阅读 · 2020年3月16日
Keras François Chollet 《Deep Learning with Python 》, 386页pdf
专知会员服务
145+阅读 · 2019年10月12日
机器学习入门的经验与建议
专知会员服务
91+阅读 · 2019年10月10日
相关资讯
图机器学习 2.2-2.4 Properties of Networks, Random Graph
图与推荐
10+阅读 · 2020年3月28日
分布式并行架构Ray介绍
CreateAMind
9+阅读 · 2019年8月9日
R语言自然语言处理:文本分类
R语言中文社区
7+阅读 · 2019年4月27日
动物脑的好奇心和强化学习的好奇心
CreateAMind
10+阅读 · 2019年1月26日
逆强化学习-学习人先验的动机
CreateAMind
15+阅读 · 2019年1月18日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
16+阅读 · 2018年12月24日
Disentangled的假设的探讨
CreateAMind
9+阅读 · 2018年12月10日
五个精彩实用的自然语言处理资源
机器学习研究会
6+阅读 · 2018年2月23日
分布式TensorFlow入门指南
机器学习研究会
4+阅读 · 2017年11月28日
【推荐】自然语言处理(NLP)指南
机器学习研究会
35+阅读 · 2017年11月17日
相关论文
Arxiv
0+阅读 · 2021年3月24日
Arxiv
0+阅读 · 2021年3月22日
Pointer Graph Networks
Arxiv
7+阅读 · 2020年6月11日
Arxiv
100+阅读 · 2020年3月4日
Arxiv
11+阅读 · 2018年9月28日
Arxiv
8+阅读 · 2018年3月17日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员