We present a novel graph-based learning of EEG representations with gradient alignment (GEEGA) that leverages multi-domain information to learn EEG representations for brain-computer interfaces. Our model leverages graph convolutional networks to fuse embeddings from frequency-based topographical maps and time-frequency spectrograms, capturing inter-domain relationships. GEEGA addresses the challenge of achieving high inter-class separability, which arises from the temporally dynamic and subject-sensitive nature of EEG signals by incorporating the center loss and pairwise difference loss. Additionally, GEEGA incorporates a gradient alignment strategy to resolve conflicts between gradients from different domains and the fused embeddings, ensuring that discrepancies, where gradients point in conflicting directions, are aligned toward a unified optimization direction. We validate the efficacy of our method through extensive experiments on three publicly available EEG datasets: BCI-2a, CL-Drive and CLARE. Comprehensive ablation studies further highlight the impact of various components of our model.


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