基于结构域的蛋白质-RNA相互作用预测模型构建

项目名称： 基于结构域的蛋白质-RNA相互作用预测模型构建

项目编号： No.31471244

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2015

项目学科： 生物科学

项目作者： 李伍举

作者单位： 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院

项目金额： 70万元

中文摘要： 蛋白质-RNA相互作用广泛存在于转录后基因表达调控等多种生物过程之中，因此，开展蛋白质-RNA相互作用研究具有重要意义。为此，本项目拟以PDB数据库提供的蛋白质-RNA相互作用数据为基础，以蛋白质结构域、RNA二级结构、结合能以及其它各项理化性质等特征为变量，综合运用生物信息学与机器学习等方法，构建基于结构域的蛋白质-RNA相互作用预测模型，并开发相应的在线预测平台，最终为蛋白质-RNA相互作用研究提供生物信息学支持。

中文关键词： 生物信息学；蛋白质；RNA；相互作用；模型

英文摘要： Protein-RNA interactions widely exist in a variety of biological processes such as posttranscriptional regulation of gene expression. Therefore, investigating protein-RNA interactions is of pivotal importance. The project presented here tries to comprehensively apply bioinfromatics and machine learning methods to develop prediction models for binding domains of protein-RNA interactions,based on the protein-RNA complexes from PDB database as the training dataset, and the properties such as protein domain and RNA secondary structure and physico-chemical parameters as the features. Then, we will also develop a web server for genome-wide prediction of protein-RNA ineractions based on domains. Finally, the project will provide bioinformatics support for studying protein-RNA interactions.

英文关键词： Bioinformatics;Protein;RNA;Interaction;Model