各种生物网络的比对

项目名称： 各种生物网络的比对

项目编号： No.10971213

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2010

项目学科： 数理科学和化学

项目作者： Stefan Grunewald

作者单位： 中国科学院上海生命科学研究院

项目金额： 25万元

中文摘要： 随着蛋白质相互作用网络等生物网络数据的普及，网络比对在预测蛋白质功能和推测蛋白质相互作用网络的进化历史上发挥越来越重要的作用。但是，目前常用的方法要么把网络比对限制在一些特殊的结构上，要么只考虑蛋白质间的相互作用信息，要么采用启发式算法。我们的目标是通过数据挖掘、数学规划和图论等方法寻找一些快速且精确的蛋白质网络比对方法。然后改进这些算法使其适用于各种生物网络的比对。我们初步方案是将网络比对转化为数学规划问题并利用CPLEX，Matlab等工具求解。初步试验结果证明该方法准确而且快速，可以应用于部分生物网络的比对。但对于较大生物网络间的比对，我们需要改进该算法和研发新的算法。

中文关键词： 网络比对；生物进化网络；生存分析；信号通路；药物靶点

英文摘要：

英文关键词： network alignment；phylogenetic network；survivial analysis；signal pathway；biomarker