一天发表两篇论文，海普洛斯陈实富带您走近ctDNA液体活检的精准分析和临床应用

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深圳市未来产业促进会会员单位：深圳市海普洛斯生物科技有限公司

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一天发表两篇论文

海普洛斯陈实富带您走近ctDNA液体活检的精准分析和临床应用

引言

随着液体活检领域的发展，大多数行业人士已经对该技术不再陌生。作为液体活检的核心技术之一，ctDNA在癌症的个性化诊断、术后监测、癌症分型甚至早期筛查领域都有非常大的应用潜力。但是ctDNA的突变频率非常低，在数据分析中如何预防假阴性的发生呢？在临床应用中，ctDNA又如何应用于术后监测呢？恰好，今天海普洛斯有两篇相关的论文正式发表，海普洛斯CTO陈实富博士是两篇文章的共同通讯作者，让我们一起来听一下陈博士给您带来的解读。

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Shifu Chen et al, MutScan: fast detection and visualization of target mutations by scanning FASTQ data. BMC Bioinformatics.

在很多基因检测应用，比如ctDNA基因检测应用中，我们都需要对一些已知位点进行高敏度检测，比如 EGFR p.L858R, BRAF p.V600E等位点。

然而，传统的NGS数据分析流程通常会有很多环节，而每一个环节都可能带来信息的损耗，这导致在最后一步进行Variant Calling的时候，对于一些超低频的突变可能会漏检。

为了解决ctDNA测序数据分析中的假阴性问题，陈博士开发了MutScan，该工具可以不经过常规的过滤、比对、校正、变异检出等环节，而直接从原始的FASTQ文件中检测目标变异。

基于优化的DNA检索算法，该软件可以比常规的NGS数据分析流程（例如 BWA + GATK）快20倍以上，而且敏感度非常高，哪怕一个变异的支持序列（Supporting Reads）只有一两条，也可以进行检测，在数据分析上排除了液体活检的假阴性问题。

该软件可以对目标变异的原始序列进行可视化，并形成可交互性的HTML报告。在HTML结果中，可以查看每一个变异的所有支持序列，包括其中每一个碱基的质量值。下图展示了一个EGFR p.T790M的HTML可视化报告结果。

MutScan是一款开源软件，属于陈博士发起的开源项目组OpenGene中的一个重要项目，感兴趣的用户可以到其开源项目地址上进行下载使用：

https://github.com/OpenGene/MutScan

除了对变异点进行扫描检测并进行可视化之外，MutScan还可以应用于其他需要对目标序列进行扫描的领域。比如有的研究员就在使用MutScan来辅助CRISPR进行基因编辑的设计。

论文原文：

https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-018-2024-6

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