精选|2019年1月R新包推荐

作者：Joseph Rickert

翻译：黄小伟，10年资深数据矿工。目前就职杭州有赞，欢迎加入有赞分析团队

2019年1月，153个R新包收录于CRAN！以下是选摘的40个R新包，包括八个类别：计算方法、数据、机器学习、医学、科学、统计学、工具和可视化。

一. 计算方法

1. cPCG: 提供使用共轭梯度算法求解线性方程组的函数.

2. RcppDynProg: 使用Rcpp实现动态编程,如下图.

二. 数据

1. cimir: 提供加州灌溉管理信息系统(CIMIS)Web API接口.

2. ecmwfr: 针对欧洲中期天气预报中心(ECMWF)的公共和限制数据集和哥白尼的气候数据(CDS),提供程序化操作界面，同时允许用户下载天气预报和气候数据.

3. germanpolls: 提供从Wahlen.de中获取数据的功能.

4. nhdR: 提供使用国家水文数据集(NHD)的工具，包括查询、下载和联网NHD与NHDPlus数据集.

5. snotelr: 提供SNOTEL雪地数据的编程接口.

6. wdpar: 提供世界保护区数据库(WDPA)的接口, 数据来自Protected Planet.

三. 机器学习

1. analysisPipelines: 提供一个R接口，使数据科学家能够在R、Spark和Python之间构建可操作的管道，用于数据操作、探索性分析、建模和报告.-划重点

2. bender: 在R中实现Bender超参数优化器.

3. FiRE: 提供在海量数据集中查找异常值和稀有实体的算法.

4. foto: 实现傅立叶变换纹理排序方法，该方法使用径向平均二维傅立叶谱的主成分分析来表征图像纹理.

5. RcppHNSW: 提供对Hnswlib C ++库的访问接口.

6. ruimtehol: 提供StarSpace库的封装，允许用户计算单词、句子、文章、文档、网页、链接和实体嵌入.

7. zoomgrid: 实现了一种带缩放的网格搜索算法，以帮助解决目标函数域内存在多个局部最优的困难优化问题.-划重点

四. 医学

1. bayesCT: 提供模拟和分析贝叶斯自适应临床试验的功能.

2. BioMedR: 提供一系列计算工具，包括293种化学描述符、14种化学指纹、基于蛋白质序列的9920种蛋白质描述符以及来自核苷酸序列的6000多种DNA / RNA描述符等.

3. dr4pl: 使用4参数logistic模型模拟药理学实验中剂量水平与反应之间的关系，并提供防止参数估计偏离的界限.

4. GMMAT: 在全基因组关联研究(GWAS)和序列关联研究中，提供使用广义线性混合模型(GLMMS)执行关联测试的功能.

五. 科学

1. ethnobotanyR: 提供计算常用的定量民族植物学指标的功能，用以评估其文化价值.

2. wsyn: 针对生态数据，提供基于小波分析空间同步性的工具.

六.统计学

1. apcf: 实现了自适应对相关函数，将对相关函数的概念从点模式转移到有限尺寸和不规则形状的对象.

2. concurve: 提供函数来计算各种统计测试的置信区间(相容性/协调性)，以及它们对应的P值和S值.

3. IMaGES: 提供实现独立多样本贪婪等价搜索(IMaGES)的功能，这是一种因果推理算法，用于为一个或多个数据集创建聚合图和结构方程建模数据.

4. metamer: 支持使用迭代算法创建具有相同统计信息(metamers)的数据.

5. mimi: 提供函数，用以估计具有缺失值的混合数据集中的主要影响.

6. pcLasso: 实现一种方法，用于拟合线性和逻辑回归模型的主成分套索的整个正则化路径.

7. qrandom: 提供澳大利亚国立大学提供的ANU量子随机数发生器的API接口，通过测量真空的量子波动实时生成真随机数.

8. rstap: 提供了使用STAN估计时空聚合预测模型的工具.

9. ROCit: 提供用于计算和可视化二进制分类器性能的函数.

10. surveysd: 提供使用Bootstrap Replicates计算复杂家庭调查中点估计及其标准误差的函数.

七. 工具

1. askpass: 为R、Git和SSH提供安全的密码输入.

2. logger: 提供了一种灵活、可扩展的格式化和交付日志消息的方法，其开销较低.

3. pagedown: 提供使用CSS中的分页媒体属性和javascript库paged.js将HTML文档的内容拆分为离散页面的工具.

4. rmd: 提供管理多个R Markdown软件包的功能.

5. tor: 提供允许用户同时导入多个文件的功能.

6. vitae: 提供多个模板和功能以简化简历的制作和维护.

八. 可视化

1. gganimate: 实现用于创建动画的ggplot2兼容语法.

2. RIdeogram: 实现绘制SVG(可缩放矢量图形)图形的工具，可视化和绘制全基因组数据.

3. voronniTreeMap: 提供使用d3.js框架创建Voronni树映射的函数.

说明：限于个人水平，错误之处难免，烦请批评指正，共同交流~

推荐阅读：

《A Gudie for Making Black Box Models Explainable》,中文译为《可解释机器学习》，作者:Christoph Molnar.这本书是关于使机器学习模型和他们的决定变得可解释。

获取方式：点击阅读原文，即可直接自主下载，提取码: 2qf8