测序周报 · 科研篇：六大领域，38位大牛！关注“人类细胞图谱计划”首批项目

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文章来源：测序中国

美国太平洋时间2017年10月16日，与“人类基因组计划”相媲美的“人类细胞图谱计划”（the Human Cell Atlas） 首批拟资助的38个项目正式公布。细胞是构成生命的基因单元，人类细胞图谱计划是一项大型国际合作项目，致力于建立一个健康人体所包含的所有（约37万亿个）细胞的参考图谱，包括细胞类型、数目、位置、相互关联与分子组分等，并通过这把钥匙，来加深对疾病诊断、监测、治疗的了解 。

该计划是通过全世界范围内优秀的生物学家、技术专家、病理学家、内科医生、外科医生、计算机科学家、统计学家等共同讨论，而提出一个具有划时代意义的国际合作大项目。几个月前，来自六大洲的481个研究团队提交申请，多领域专家进行评审，最终38个来自8个国家的研究团队获得陈-扎克伯格基金会的认可，将各自独立展开相关研究。清华大学张学工负责的项目是其中唯一一个由中国科学家承担的项目。点击链接，查看测序中国此前报道

最终入选的38位科学家团队都是何许人也？一起来看看吧！

BRAIN  

脑

IMMUNE 

免疫

TISSUE HANDLING & PROCESSING 

组织处理

GASTROINTESTINAL 

胃肠道

SKIN 

皮肤

TECHNOLOGY DEVELOPMENT 

技术研发

本周科研进展

1.近日，《自然》子刊《Nature Communications》在线发表了一篇论文，在人类基因组中找到了4个和强迫症有着密切关联的基因。这项研究有助于我们从根本上理解强迫症这种疾病。本项研究中找到的4条基因，有力地支持了强迫症背后的遗传因素。目前，并没有治疗强迫症的有效药物，而这可以从我们自身找到原因——强迫症的发病与基因变异有着千丝万缕的关系。

2. 美国太平洋时间2017年10月16日，与“人类基因组计划”相媲美的“人类细胞图谱计划” 首批拟资助的38个项目正式公布。清华大学张学工负责的项目是其中唯一一个由中国科学家承担的项目。人类细胞图谱计划是一项大型国际合作项目，致力于建立一个健康人体所包含的所有细胞的参考图谱，包括细胞类型、数目、位置、相互关联与分子组分等。该计划是通过全世界范围内优秀的生物学家、技术专家、病理学家、内科医生、外科医生、计算机科学家、统计学家等共同讨论，而提出一个具有划时代意义的国际合作大项目。

3. BRCA1基因中的突变在20多年前就被发现与乳腺癌和卵巢癌的风险相关，但是BRCA1基因突变提高癌症风险的机制却一直未被澄清。日前，耶鲁大学(Yale University)的研究人员在《自然》杂志上发表的最新研究终于解开了BRCA1基因突变致癌的秘密。

4. 最近，来自Harwell医学研究委员会（MRC Harwell）的科学家在对超过3000个小鼠基因进行试验后，发现了52个之前未被鉴定的对听力至关重要的基因。通过国际小鼠表型联盟（IMPC）领导了这一研究的科学家表示，这些新发现的基因将为人类听力损失的原因提供见解。这项发表在Nature Communications 杂志上。

5. 来自美国范德堡大学的科学家发现了一种与西妥昔单抗耐药性相关的非遗传因素，西妥昔单抗是一种用来治疗晚期结肠直肠癌的疗法。10月16日，该小组的研究成果在线发表在Nature Medicine，题为“lncRNA MIR100HG-Derived miR-100 and miR-125b Mediate Cetuximab Resistance via Wnt/β-Catenin Signaling”，展示了一种克服西妥昔单抗耐药性的新方法。

6.10月13日，中国科学院海洋研究所杨红生课题组、相建海课题组、李富花课题组主导，天津生物芯片技术公司、加拿大纽芬兰纪念大学等单位合作，完成的研究论文在线发表在PLoS Biology上。该研究首次完成了仿刺参Apostichopus japonicus（俗称海参）的全基因组精细参考图谱的绘制，揭示了海参的特殊形态进化与再生潜能的分子基础。

7. 近日，对非洲若干地区人群同皮肤色素沉着相关的基因变异进行的分析得出如上结论。同时，最新发现显示，一些特别黑的肤色由控制较浅肤色的基因变异演化而来的时间相对较近，从而表明拥有较白皮肤的人群“更加高级”这一种族主义概念存在严重缺陷。相关成果日前发表于《科学》杂志。

新发表文章

【新技术】

1. PHAST, PHASTER and PHASTEST: Tools for finding prophage in bacterial genomes.Arndt D et al.Brief Bioinform. 2017 Sep 25.

2. DeepGO: Predicting protein functions from sequence and interactions using a deep ontology-aware classifier.Kulmanov M et al.Bioinformatics. 2017 Sep 28.

3. Comparative analysis of differential gene expression tools for RNA sequencing time course data.Spies D et al.Brief Bioinform. 2017 Oct 6.

4. CircPro: an integrated tool for the identification of circRNAs with protein-coding potential.Meng X et al.Bioinformatics. 2017 Oct 15

5. Analysis of ChIP-seq Data in R/Bioconductor.de Santiago I et al.Methods Mol Biol. 2018

6. CSCD: a database for cancer-specific circular RNAs.Xia S et al.Nucleic Acids Res. 2017 Sep 28.

【动物】

1. Sequence and structural diversity of mouse Y chromosomes.Morgan AP et al.Mol Biol Evol. 2017 Sep 25.

2. Effects of Conjugated Linoleic Acid Supplementation on the Expression Profile of miRNAs in Porcine Adipose Tissue.Wang Q et al.Genes (Basel). 2017 Oct 13

【微生物】

1. A Review on the Applications of Next Generation Sequencing Technologies as Applied to Food-Related Microbiome Studies.Cao Y et al.Front Microbiol. 2017 Sep 21

2. Assessing the Diversity of Rodent-Borne Viruses: Exploring of High-Throughput Sequencing and Classical Amplification/Sequencing Approaches.Drewes S et al.Adv Virus Res. 2017

【肿瘤】

1. LINE-1 retrotransposon-mediated DNA transductions in endometriosis associated ovarian cancers.Xia Z et al.Gynecol Oncol. 2017 Oct 9.

2. Melatonin promotes the proliferation of GC-1 spg cells by inducing metallothionein-2 expression through ERK1/2 signaling pathway activation.Li C et al.Oncotarget. 2017 Aug 7

3. Integrated analysis of competing endogenous RNA network revealing lncRNAs as potential prognostic biomarkers in human lung squamous cell carcinoma.Sui J et al.Oncotarget. 2017 Jul 27

4. Transcriptomic profiling of long non-coding RNAs in hepatitis B virus-related hepatocellular carcinoma.Fan H et al.Oncotarget. 2017 Jun 30

5. Characterization of the mutational profile of 11 diffuse large B-cell lymphoma cell lines.Juskevicius D et al.Leuk Lymphoma. 2017 Oct 18

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