追剧MIT6874-week2：面向生命科学的深度学习|机器学习基础

                                                              前言

MIT6874追剧计划是由GeonomicAI发起的公益活动，以公开课程平台为基础，实现同期学员交流讨论、资源共享等功能，解决大家学习MIT674公开课的困难，帮助大家更高效的学习。

扫描添加微信，回复口令【追剧】获取入群邀请。

为了克服大家的惰性，督促大家坚持学习，象征性的收50元费用，最后坚持完成计划的人，钱全部退回。

课程大纲

课程计划20周

MIT6874课程主页：https://mit6874.github.io/

week1: Course Intro, AI, ML

week2: Machine Learning Foundations[本周课程内容]

课后作业

视频笔记（不少于200字）；

code review [深度学习固定代码块总结；RNNs一个案例的操作]

本周优秀笔记

@其林；@Sam；@李帅

后台回复【201】获取课程ppt、课后作业、优秀作业、AF2团队seminar的slides、序列预测蛋白表达、GWAS深度学习等资料。

精选5条讨论

Q1：生物背景，有什么机器学习基础课程推荐？

        李沐的动手深度学习课程

Q2：AlphaFold2的讨论

 来自Yaxin的思考：

上海交大复现论文：

ParaFold:Paralleling AlphaFold for Large-Scale Predictions

https://github.com/Zuricho/ParallelFold

更快的MSA多序列比对方法

https://github.com/soedinglab/MMseqs2

其林同学还分享了AF2团队seminar的slides

Q3:有没有GWAS与深度学习结合的研究？

Q4：有没有预测表达量的nature论文？做序列预测蛋白质表达的意义在哪里？

The evolution, evolvability and enginerring of gene regulatory DNA

Q5:有没有深度学习预测RNA

science文章：Geometric deep learning of RNA structure

后台回复【202】获取讨论中资料。