基因芯片用于中药作用机制研究的数据重现性问题分析

项目名称： 基因芯片用于中药作用机制研究的数据重现性问题分析

项目编号： No.30801556

项目类型： 青年科学基金项目

立项/批准年度： 2009

项目学科： 金属学与金属工艺

项目作者： 范骁辉

作者单位： 浙江大学

项目金额： 21万元

中文摘要： 作为系统生物学的重要研究手段之一，基因芯片已被大量用于中药作用机制研究等领域。但芯片数据的重复性、再现性及不同平台结果的可比性等具体技术问题仍然存在争议，制约了基因芯片技术在中医药学研究中的进一步推广。 本申请选择黄芪丹参方治疗大鼠急性心肌梗塞机制研究为具体模式对象，用 Affymetrix、Agilent和Illumina 等三个最常用的芯片分析平台，分别考察给药组、模型组和假手术组芯片数据的平台内重复性、再现性以及不同平台结果的可比性，并回溯分析各实验操作和数据分析环节对结果的影响，以期为基因芯片技术用于中药作用机制研究提供实际指导。本项目的实施结果（不论是正面还是反面）将是对生物芯片质量控制（MAQC）国际合作计划的重要补充，有助于完善芯片技术，拓展和丰富中医药研究手段，从而推动和加快中药作用机制等相关研究进程。

中文关键词： 生物芯片；数据重现性；黄芪丹参方；中药作用机制研究

英文摘要： As one of the key tools of systems biology, Microarray has been widely used in mechanisms research of Traditional Chinese Medicine (TCM). However, challenges remain in this field. Criticism was largely on the grounds of general non-reproducibility of gene signatures and the inability to replicate results in terms of significant genes from experiments in different laboratories and from different experimental platforms. The mechanisms of HuangQiDanShen, a TCM formula, is taken as a typical example in this study, 3 most commonly-used platforms, i.e. Affymetrix, Agilent, and Illumina are employed to determine the significant genes from 3 groups, i.e. control, treated, and pseudo. The cross-lab and cross-platform reproducibility of significant genes will be investigated. Consequently, the results of this study will be a great complementarity of FDA-led community-wide Microarray Quality Control (MAQC) project and TCM modernization.

英文关键词： Microarray; Reproducibility; HuangQiDanShen; Mechanisms