蛋白质柔性对接计算机模拟方法研究

项目名称： 蛋白质柔性对接计算机模拟方法研究

项目编号： No.61170125

项目类型： 面上项目

立项/批准年度： 2012

项目学科： 自动化技术、计算机技术

项目作者： 吕强

作者单位： 苏州大学

项目金额： 56万元

中文摘要： 蛋白质对接是新药发现的必需重要先导步骤，用生化实验方法发现蛋白质相互作用和对接是艰巨的任务。用计算机模拟柔性对接，不但能够替代实验方法发现蛋白质对接复合物的空间结构，而且还能够指导生化实验方法设计出新的复合物；被看作是一种独立于传统生化实验方法的"in silico实验"方法。 基于天然蛋白质结构处于自由能最小的假设，又因为现有多种类能量函数既有用又不完全准确，可以把柔性对接问题转化为多目标优化问题。通过并行交互多种启发式搜索方法、且各搜索并行体独立应用不同的能量函数，以及机器学习方法识别和建模对接中柔性区域，可以更加高效地探索和挑选蛋白质对接而成的低能量对接体。 既融合并行不同种类搜索策略来解决一类对接问题，又把对接问题多种解决方案融合到并行搜索的计算平台上，从而展现所有现有方法未现的自然态对接行为，为药物发现等后继战略应用提供关键支持。

中文关键词： 计算模拟；蛋白质对接；并行优化；柔性区域建模；

英文摘要：

英文关键词： Computational Simulation；Protein Docking；Parallel Optimization；Flexible areas modeling；