北京市计算中心2018年3月份生物信息培训课程公布啦！

2018 年 1 月 12 日 转化医学网 Juka

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导读

随着基因的密码逐渐被人类解开，测序技术的不断发展，精准医学概念的提出，生物信息学这一新兴学科在科学研究以及实际应用中拥有着越来越重要的作用。为了适应该变化，北京市计算中心在2018年将陆续开展生物信息培训课程。

在此背景下，北京市计算中心生物信息系列培训班将于3月陆续开展，包括第三代测序技术及信息分析研讨班、生物信息学技术应用讲习班、宏基因组分析专题研讨班、基于多组学的慢性疾病研究研讨班、表观遗传学数据分析研习班、数据分析与R语言制图专题研讨班、实用微生物组学信息分析精品班、分子模拟与蛋白互作研习班，北京市计算中心生物计算事业部在此恭候您的到来！

参加培训的学员可免费领取培训教材：《高通量测序与高性能计算理论和实践》——北京科学技术出版社出版。

注：参加培训班的学员投稿《中国生物工程杂志》，通过审稿的论文将会优先发表。

培训地点：北京海淀区丰贤中路7号3号楼

3月份的具体课程如下：

2018.3.10-12 第三代测序技术及信息分析研讨班

【培训时间】上午9：30-12：00，下午13：30-17：00

【培训内容及安排】

日期	主题	授课内容
第一天上午	PacBio测序技术介绍	高通量测序技术发展、机遇及挑战 PacBio测序技术、平台及原理介绍
第一天上午	三代测序应用中样本提取和建库流程	PacBio测序（RSII和Sequel）的样本提取、质检及建库流程等
第一天下午	BioNano及HiC相关实验流程	BioNano光学图谱的样本提取、质检及建库流程等 HiC文库的样本提取、质检及建库流程等
第二天上午	Linux系统基本操作	Linux系统简介 Linux基础操作常用Linux命令学习与实践
第二天下午	PacBio测序在动植物基因组中研究应用	基于PacBio的动植物基因组文章深度解读
第二天下午	PacBio测序在动植物基因组中研究应用	基于PacBio动植物基因组组装注释流程常用基因组组装软件(如FACLON，PBJelly等)原理介绍常用基因组注释方法介绍基于PacBio动植物基因组组装的实例演示（可选200M左右简单基因组进行实操，分别用FACLON和PBJelly组装注释）
第三天上午	PacBio测序在全长转录组中研究应用	基于PacBio全长转录组文章深度解读
第三天上午	PacBio测序在全长转录组中研究应用	基于PacBio全长转录组分析流程常用软件原理介绍基于PacBio全长转录组分析实例演示（可选1个Sequel SMRT Cell数据量进行全长转录本分类、聚类与校正）
第三天下午	PacBio测序在动植物基因组甲基化研究应用	基于PacBio全基因组甲基化分析流程常用软件原理介绍基于PacBio全基因组甲基化分析实例演示（可选基因组中200M左右简单基因组数据进行实操）
第三天下午	PacBio测序在微生物基因组研究应用	1. 微生物基因组概述 2. 基于PacBio 微生物基因组分析流程 3. 常用软件(如HGAP等)原理介绍 4. 常用数据库介绍（Go，KEGG，CAzy等） 5. 基于PacBio微生物基因组组装的实例演示

【报名费用】

培训费3800元/人，含听课费、材料费、上机费和午餐。请自带笔记本电脑用以上机实习。

【学习材料】

《高通量测序与高性能计算理论和实践》北京科学技术出版社。

【报名优惠政策】

1、3人以上团体报名每人可减少300元；

2、4+1团报，可免费赠送一个名额；

3、上面优惠政策不能同时享受，只能享受其中一种。

培训以收到学员培训费为成功报名，培训座位按收到费用先后顺序安排。

2018.3.13-16 数据分析与R语言制图专题研讨班

【培训时间】上午9:30-12:00 下午13:30-16:30

【培训内容及安排】

日期	等级	授课题目	授课内容
第一天	基础	R语言基础知识	R语言概述及特点 R语言软件安装和功能介绍 R语言包的安装和帮助文档
第一天	基础	R语言的编程	介绍R语言中常用的数据结构（包括向量，数组，矩阵，列表，数据框等）的介绍和操作方法； R语言中数据的导入导出 R语言编程中常用的控制语句； R语言中功能模块（函数）的编写和使用方法。
第二天	实战	R绘图基础	R绘图的基本概念和模式 R语言中常用绘图函数和绘图参数的介绍使用专门的绘图包进行绘图
第二天		ggplot2的使用	ggplot2软件包概述 ggplot2绘制简单图形 ggplot2绘制复杂图形，并进行参数调整
第三天		R在统计学中的应用	使用R做统计分析，假设检验，包括常用的参数和非参数检验；使用线性模型进行回归分析；使用R做方差分析；使用R做主成分分析和聚类分析等（以生物、医学和生态相关内容为例）
第四天	高级	R在生物信息学分析中的应用	使用R语言分析转录组测序的read count数据，进行差异表达分析；使用R进行基因的GO富集分析和Pathway分析等。
第四天	高级	课堂答疑	具体问题讨论和现场答疑，可以结合学员自身数据和分析需求，设计和编写R语言脚本

【报名费用】

注册费：4300元/人，包括学费、资料费、上机费、午餐费。培训期间可免费提供工作餐。

【学习材料】

《高通量测序与高性能计算理论和实践》北京科学技术出版社。

【报名优惠政策】

1、1.30前报名并缴费的学员每人可减少300元

2、3人以上团体报名每人可减少300元；

3、4+1团报，可免费赠送一个名额；

4、上面4种优惠政策不能同时享受，只能享受其中一种。

老学员参加及老学员推荐参加均可额外优惠200元。培训以收到学员培训费为成功报名，培训座位按收到费用先后顺序安排。

2018.3.26-29 实用微生物组学信息分析精品班

【培训时间】上午：9：00 - 12：00 下午：1：30 – 5：00

【培训内容及安排】

日期	上课时间	授课题目	授课内容
第一天	9:30-12:00	微生物组学研究概论及进展	1、微生物组研究的发展历史 2、微生物测序分析技术及实验技术原理 3、研究热点分享
第一天	13:30-17:00	经典案例分享和方案设计与文章架构设计	1、微生物组学经典文章回顾，未来微生物组学发展方向 2、已发表各类精品文章的经验总结：包括经典项目总体设计思路、遇到的困难及解决方案 3、文章写作经验分享，包括文章架构设计、语言风格、结果呈现等写作技巧
第二天	9:00-12:00	Linux基础操作	1、Linux常用命令使用和上机操作 2、Linux环境下软件安装
	9:00-12:00	16s测序分析结果解读	1、OUT分析 2、物种分类与丰度分析 3、Alpha多样性分析 4、Beta多样性分析 5、显著性差异分析
	13:30-17:00	16s数据分析（上机）	1、质控与数据拼接 2、OTU聚类 3、物种注释 4、统计分析：（1）α多样性分析；（2）β多样性分析；（3）群落结构及丰度分析；（4）进化分析；（5）差异分析(Lefse)；（6）功能分析(picrust)。
第三天	9:00-12:00	宏基因组测序分析结果解读	1、物种注释分析 2、差异物种分析 3、差异基因分析 4、功能注释分析 5、MGS分析
第三天	13:30-17:00	宏基因组数据分析（上机）	1、质控 2、拼接组装 3、聚类Binning：TETRA; MetaCluster; Phymm等 4、基因注释：FragGeneScan；MetaGeneMark；MetaGeneAnnotator等 5、功能注释：RAMMCAP；Blast等 6、统计分析：（1）物种分析；（2）功能分析；（3）差异分析；（4）比较分析
第四天	9:00-12:00	R的数据处理功能及统计应用	1、R的安装、运行与使用 2、R语法介绍（R基本符号） 3、R数据处理，对R语言中常用的数据结构包括向量，数组，矩阵，列表，数据框等的介绍、使用方法及使用范围
第四天	13:30-17:00	R绘图功能在微生物组学信息分析中的应用	1、基础绘图工具（绘图函数、参数、画图面板分割及图形的保存） 2、微生物组学数据结果制作案例实际操作

（课程内容以实际授课为准)

【讲师团队】

邀请中科院、北大、军科院和北京市计算中心一线工作经验丰富的老师主讲。

【报名费用】

培训费：5000元/人（材料费、上机费、午餐费，请自带笔记本电脑以备上机实践使用）

【学习材料】

《高通量测序与高性能计算理论和实践》北京科学技术出版社。

【附近酒店】

如家酒店（永丰店），可自行网上预定，费用自理。

【报名优惠政策】

1、1.30日前报名成功并缴费每人可优惠300元

2、3人以上团体报名每人可减少300元；

3、4+1团报，可免费赠送一个名额；

老学员参加及老学员推荐参加的学员均可额外优惠200元。

培训座位按收到报名表先后顺序安排。

2018.3.31-4.1分子模拟与蛋白互作研习班

【培训时间】上午：9：30-12：00 下午：13：30–17：00

【培训内容及安排】

日期	授课题目	授课内容
第一天	蛋白数据库介绍	1、蛋白质结构分析与PDB数据库应用 2、PDB文件格式详解
第一天	蛋白结构分析软件	1、蛋白结构可视化软件Pymol的应用 2、Pymol的APBS插件使用
第二天	同源建模	1、同源建模原理介绍 2、swiss-model在线同源建模
第二天	分子对接	1、分子对接理论及autodock介绍 2、 Autodock软件与小分子对接
第三天	虚拟筛选	1、autodock vina介绍 2、分子库筛选实例操作
第三天	蛋白蛋白相互作用	1、专业软件rosetta介绍 2、多体系蛋白－蛋白相互作用实例操作