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斯坦福「众筹」算力寻找新冠特效药,氪金玩家:是时候祭出我的泰坦了
2020 年 3 月 18 日
机器之心
机器之心报道
参与:张倩
你在家躺着可以为抗击新冠做贡献,你的电脑也可以。
我们每隔一段时间就会看到更快更强的 CPU、GPU 问世,全球顶尖的实验室、科技公司也在不断加码构建超级计算机。但尽管如此,在面对一些问题时,再强大的机构也会面临算力瓶颈。以天文学、生命科学研究为例,寻找地外文明、模拟天气、重建蛋白质结构等任务似乎都是算力无底洞。这个时候,科研机构往往会选择发动民间力量,通过「众筹」的方法得到所需的算力。
天文爱好者们可能知道,加州大学伯克利分校于 1999 年创立了一个名为 SETI@home(Search for Extra-terrestrial Intelligence)的项目,目的是利用全球联网的大量计算机所组成的虚拟超级计算机来寻找地球以外的智慧生命。志愿者可以通过运行一个免费程序下载并分析从射电望远镜传来的数据来加入这个项目。
斯坦福大学也有一个类似的项目,名为「Folding@home」,旨在利用算力推进蛋白质折叠过程的研究,从而帮助研究各种疾病,包括多种癌症、阿尔兹海默症、亨廷顿舞蹈症和帕金森等。现在,该项目又新增了一个病种——新型冠状病毒肺炎。新项目鼓励大家捐出空闲的算力,助力新冠肺炎的药物挖掘等工作。
捐算力,抗新冠
前面说过,这种通过「众筹」算力解决科学问题的做法已经不是头一遭了。这些项目有个统一的名字,叫做分布式计算项目。
分布式计算是一门计算机科学,主要研究分布式系统。一个分布式系统包括若干通过网络互联的计算机。这些计算机互相配合以完成一个共同的目标(即项目)。具体的过程是:将需要进行大量计算的项目数据分割成小块,由多台计算机分别计算,再上传运算结果后统一合并得出数据结论。
在一个名为「中国分布式计算总站」的网站上,我们可以看到多个分布式计算项目,包括 IBM 公司主导的 World Community Grid(包括多个子项目,如清华大学主持的清水计算)、中国科学院高能物理所主导的 CAS@home(主要是生命科学类项目)、美国物理协会和威斯康星-密尔沃基大学发起的 Einstein@Home(寻找引力波存在的直接证据以及新的脉冲星等)、用于寻找梅森素数的 GIMPS 项目等。上面提到的 Folding@home 和 SETI@home 也存在于该列表中。
那么,我们捐赠的这些算力具体有什么用呢?这还要从新冠病毒的关键组成——蛋白质说起。
蛋白质是维持生命所必需的大而复杂的分子。几乎渗透到我们身体的每一个功能——收缩肌肉,感知光线,或将食物转化为能量——都可以追溯到一种或多种蛋白质,以及它们是如何运动和变化的。病毒蛋白质的作用就是抑制我们的免疫系统并完成自我繁殖。
斯坦福这一项目研究的正是病毒蛋白质的动力学,希望以此来寻找新的治疗方法。
研究者表示,测定蛋白质结构的实验方法很多,但这些实验方法都有缺陷:它们只揭示了蛋白质常见形态的单张『快照』,还有很多部分我们看不见。而这些看不见的结构可能会成为发现一种新的治疗方法的关键。
实验方法让我们看到的蛋白质单一结构就像球员的摆拍照片,会遗漏很多细节。
这些研究者所做的就是利用计算机模拟蛋白质组成成分的相对运动,而且已经取得过不错的成果。在一项关于埃博拉病毒的研究中,研究者利用蛋白质结构模拟在埃博拉病毒的某个蛋白上发现了一个的新的用药位点,该蛋白此前被认为是「无法用药」的,因为利用实验方法得到的「快照」没有显示出用药位点。
他们在之后的实验中验证了这一模拟结果,现在已经开始着手寻找作用于该位点的药物。
现在,研究者想用同样的方法寻找新冠病毒肺炎的潜在治疗方案,所以发起了这一项目。
硬件巨头、氪金玩家一呼百应
随着疫情在国外的蔓延,这一项目得到了全球多家硬件巨头和诸多 PC 玩家的支持。英伟达在官方推文中呼吁道,「PC 玩家们,一起启动 GPU 来抗击新冠肺炎吧!」
英特尔、微星等硬件厂商也纷纷响应,表示要「搁置分歧」,共同抗疫。其中,英特尔的画风是这样的:
微星的画风是这样的:
此外,该活动还得到了不少硬核玩家的支持,比如下面这位:
还有人在帖子下面排起了队形:
相信随着时间的推移,还会有不少企业和个人加入。目前该项目还支持组队加速,全球「战队」的排名会以天梯的形式显示在 APP 上。
如何加入这一行列?
那么,加入项目具体要怎么做呢?首先,你要按照项目官网提示安装一个小程序,这个程序会下载少量数据用于分析。
下载链接:
https://foldingathome.org/start-folding/
程序打开界面。
然后,在打开的页面选择「Any disease」。你可以选择让该程序一直工作,也可以选择只在空闲时间运行。分析的结果最后会传给斯坦福的研究者。
除了这个项目之外,机器之心之前还报道过一款名为
「Foldit」
的游戏,玩家可以通过这款游戏协助研究人员发现抗击新冠病毒的潜在蛋白质,从而助力药物研发等工作。其本质也是利用全球的闲置算力。有兴趣的同学可以去玩一下。
参考链接:
https://equn.com/wiki/%E9%A6%96%E9%A1%B5
https://foldingathome.org/
本
文为机器之心报道,
转载请联系本公众号获得授权
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