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谱分析方法（spectral analysis method）。利用概率统计的方法发现密集区域。算法构造一个蛋白质交互网络的相似性矩阵，计算其中的特征值与特征向量。根据特征值的特性对密集区域进行发现，其中特征值为正数的特征向量被识别为一个quasi-clique，特征值为负数的特征向量则被认为是一个quasi-biclique。最后再利用统计学中的p-value对密集区域进行验证，保证算法找到的每个密集区域都是显著有效的。此类启发式算法具有效率高的特点，在很多应用场景能够得到不错的效果。但是也存在一些缺点，例如算法不能够保证足够的有效性。