【优博微展2018】冯会娟：基于高通量测序研究选择性剪接的功能和调控

冯会娟：2018年清华大学优秀博士学位论文二等奖获得者

基于高通量测序研究选择性剪接的功能和调控

Research on the Function and Regulation of Alternative Splicing with High-Throughput Sequencing 

作       者：冯会娟          

指导教师：张学工

培养院系：自动化系       

学       科：控制科学与工程

读博感言：学会感谢所有的经历

研究背景/选题意义/研究价值

选择性剪接是一种重要的转录后调控机制。基因通过选择性剪接可产生多种形式的转录本，增加了转录组的复杂性和多样性。选择性剪接的调控过程非常复杂，异常的选择性剪接与疾病密切相关。近年来，随着高通量测序技术的发展，RNA测序和HITS-CLIP已成为研究选择性剪接的主要手段。本文基于高通量RNA测序数据和HITS-CLIP数据构建了相关的生物信息学分析流程，系统地研究了疾病和发育中选择性剪接的功能和调控。

主要研究内容

1. 提出了统计方法mRIN在样本水平和基因水平评价RNA的完整性。

2. 建立了选择性剪接功能的分析流程，研究了激酶的差异剪接在前列腺癌中的功能。

3. 建立了选择性剪接调控的分析流程，研究了小鼠大脑发育过程中的动态剪接模块和其调控机制，并应用该模块预测神经细胞的成熟程度。

BrainSpan数据的基因表达谱与mRIN值

前列腺癌中基因CDK5的差异剪接与AR的作用模型

皮质发育过程中的动态剪接模块

主要创新点

1. 提出了新方法mRIN以RNA测序数据质量。

2. 从生物信息学建立研究选择性剪接研究的分析流程。

3. 对疾病和发育中选择性剪接的功能和调控分别进行了研究，得到了有意义的生物发现。

代表性学术发表

1. Feng H, Qin Z, Zhang X. Cancer Letters, 2013, 340(2): 179–191

2. Feng H, Zhang X, Zhang C. Nature communications, 2015, 6: 7816. – Research highlights, Nature Methods, 12:910 (2015). 

作者：冯会娟

供图：冯会娟

编辑：清华大学研究生院  周明坤  吴佳瑛 李文