AI for Science、大小模型协同进化、硅光芯片、绿色能源 AI、柔性感知机器人、高精度医疗导航、全域隐私计算、星地计算、云网端融合、XR 互联网。 原文链接: https://damo.alibaba.com/techtrends/2022#dmy1 中科院:农业资源研究中心在生物镉响应异型同功问题研究中获进展
中国科学院农业资源研究中心研究员李小方团队近期通过毒理学试验、比较转录组分析、基因组深度注释以及传统的功能基因组学方法结合,对三个跨界的模式物种(大肠杆菌、酿酒酵母和莱茵衣藻)在镉胁迫下的保守调控基因和模型进行探索。相关研究成果以 Cross-Kingdom comparative transcriptomics reveals conserved genetic modules in response to cadmium stress(通过跨界比较获得的保守共调控镉胁迫响应代谢通路)为题,发表在 mSystems 上。
清华大学颉伟课题组利用未成熟卵母细胞原位显微注射技术(OMIS),在斑马鱼里建立了 DNA 甲基转移酶 dnmt1 的母源敲低模型,证明了全基因组范围内大幅度降低斑马鱼早期胚胎的 DNA 甲基化水平会导致早期胚胎死亡。这些结果表明,高 DNA 甲基化是斑马鱼早期胚胎正常发育所必需的。为了研究 DNA 甲基化擦除引起胚胎死亡的原因,研究人员检测了 dnmt1 母源敲低胚胎的转录组、组蛋白修饰在基因组内的分布变化。结果显示,DNA 甲基化的降低伴随着成体细胞增强子和成体细胞特异表达基因的异常激活,提示增强子的去记忆化以及整体 DNA 甲基化对维持是沉默体细胞增强子的重要机制。但有趣的是,胚胎增强子也是高甲基化,但并不影响其在胚胎发育过程中发挥功能。为了回答这个问题,研究人员进一步研究发现,斑马鱼早期胚胎的增强子区域 CG 密度低,使其对 DNA 甲基化不敏感,而成体细胞的增强子区域 CG 密度高。
核受体 HNF4α 在人正常肺组织中不表达,而在约 90% IMA 中异常出现表达,可作为 IMA 辅助诊断标志物。然而,HNF4α 在 IMA 发生发展中的作用及机制尚不清楚。本研究中,他们发现 IMA 细胞系及临床样本中表达的是由 P2 启动子驱动的 HNF4α,并通过细胞水平和小鼠模型证实 HNF4α 依赖于其转录激活活性促进 IMA 的生长、侵袭和迁移。他们进一步发现,HNF4α 转录激活 lncRNA BC200 的表达;而 BC200 作为 HNF4α 的下游分子,介导了 HNF4α 促 IMA 生长和转移的作用。在 IMA 细胞质中,BC200 作为“桥梁”促进 mRNA 结合蛋白 FMR1 与肿瘤相关基因如 EGFR 和 Twist 等的 mRNA 的结合来调节这些 mRNA 的稳定性,从而促进 IMA 的生长、侵袭和迁移。
原文链接: https://news.xmu.edu.cn/info/1045/43105.htm
厦门大学:张瑶教授团队揭示海洋最重要的初级生产者原绿球藻的进化适应机制
该研究对 418 个原绿球藻基因组进行了严谨的物种划分,并计算出原绿球藻的 Ne 为 1.68 × 107。该 Ne 值小于许多典型的海洋自由生活菌,这颠覆了原绿球藻 Ne 巨大的传统认知。 进一步分析发现广泛分布的原绿球藻具有大量共存的孤立种群,这可能与小生境适应相关——不同的小生境被有不同代谢特点的孤立种群所占据。同时,这些孤立种群内部基因重组水平较低。基于此,研究提出了原绿球藻遗传漂变加强的机制——周期性选择。即在低重组水平的条件下,自然选择发挥作用时会固定包含优势基因的整个基因组,而淘汰不包含优势基因的整个基因组,从而降低原绿球藻的中性遗传多态性和有效种群规模,强化其遗传漂变的作用。该研究给寡营养环境中优势类群常见的基因缩减现象,在传统的“寡营养环境适应”观点之外,提供了一种创新的观点和理论。