全新的单细胞建库方法BaseMTLP即将发布，推动测序方法从二代向三代迈进

全球基因测序领域领导者Thermo Fisher（赛默飞）与贝康医疗合作，将其全球生殖与遗传临床研究中心（以下简称“该中心”）落户在苏州生物医药产业园（BioBAY）。通过该中心的建立，赛默飞希望推动其二代测序、单细胞扩增等技术在生殖健康领域的临床研究。据记者了解，9月17日，在该中心举办的高峰论坛上，贝康医疗将发布全新的单细胞建库方法BaseMTLP^TM 。这是单细胞扩增与二代测序技术应用的一次突破性进展。

图1：转座酶结构图

 

BaseMTLP^TM功能实现的关键是，通过特殊的转座酶能够高度随机地在样本基因组上进行切割，并同时插入特定的文库接头序列，从而能够将单细胞扩增与测序文库构建这两个耗时长、操作复杂的流程升级整合至一步反应中完成，从而大幅节约了操作时间、降低了样本污染和人为出错的可能。目前，该方法主要用于三代试管婴儿中的胚胎植入前遗传学筛查（Preimplantation Genetic Screening, PGS）。通过对523例临床样本进行检测显示，BaseMTLP^TM对于非整倍体和大于4M的微缺失微重复样本检测的敏感性与特异性均为100%。

 

BaseMTLP^TM不仅实现了流程的优化，也取得了重要的性能突破。具体产品特征如下：

 

1、流程优化

 

常规用于PGS的单细胞建库方法包括单细胞扩增、片段化、加接头与PCR扩增4个步骤，实验周期为15小时；采用BaseMTLP^TM方法后，仅需预处理和PCR扩增2个步骤，实验周期为5小时，同时减少了80%的转管操作和2次质检。BaseMTLP^TM方法耗时仅为常规单细胞建库方法的1/3，实现了对整个流程的有效优化。

 

2、性能突破

 

BaseMTLP^TM通过新一代测序芯片的升级，能够将测序数据量从90M提升至400M以上，从而使单次运行所检测的PGS样本数能够从原来的25个大幅提升至80个。BaseMTLP^TM显著提升了测序通量，大大降低了检测成本，提高了检测效率。

 

市场常见单细胞扩增方法的对比  

 

将BaseMTLP^TM和MALBAC、GenomePlex、PicoPLEX这些单细胞扩增方法相比可以看出（见下图），BaseMTLP^TM的均一性与全基因组测序结果（Bulk Data）非常接近。均一性是单细胞扩增产品最为重要的一项指标。通过均一性指标MAPD值的计算显示，BaseMTLP^TM、MALBAC、PicoPlex、GenomePlex和Bulk Data的MAPD值分别为0.26、0.31、0.24、0.42和0.20。从数值可明显看出，BaseMTLP^TM具有非常好的均一性。 

 图2：BaseMTLP^TM与其他单细胞建库方法的均一性对比

 

另外，对代表产品稳定性的指标（重现性）进行研究，利用CV变异系数这一通用的考评标准对比评估各单细胞建库方法，BaseMTLP^TM、MALBAC、PicoPlex、GenomePlex的CV值分别为0.13、0.19、0.15和0.22。CV值越低，再现性越高。这意味着BaseMTLP^TM具有非常强的稳定性。

大样本临床试验

 

目前，BaseMTLP^TM已进行了大样本的临床试验。在1M有效数据量和4%覆盖率的条件下，≥4M以上微缺失微重复的检出率大于100%。BaseMTLP^TM的诞生缔造了又一次技术创新和升级，它将整个PGS的检测时间从原来的18小时缩短至8小时。这对于临床来说是一项具有重大意义的提升。由于PGS检测的周期长，胚胎都需要冷冻，不能进行鲜胚植入，BaseMTLP^TM突破了现有的这一临床瓶颈，可以为有特殊需要的患者实现鲜胚植入，改变了PGS检测只能冷冻胚胎的历史。

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