【干货】Python机器学习机器学习项目实战3——模型解释与结果分析（附代码）- 专知

【干货】Python机器学习机器学习项目实战3——模型解释与结果分析（附代码）

【导读】机器学习模型经常被批评是技术黑箱：只要输入数据就能得到正确答案，但却无法对其进行解释，在本系列的第三部分，作者展示一个完整的机器学习解决方案，并试图解释模型。

这是一篇完全手把手进行机器学习项目构建的教程，包含：1. 数据清理和格式化 2. 探索性数据分析 3. 特征工程和特征选择 4. 在性能指标上比较几种机器学习模型 5. 对最佳模型执行超参数调整 6. 在测试集合中评估最佳模型 7. 解释模型结果 8. 得出结论。在第一篇文章中，我们对数据进行了清理和结构化，进行了探索性的数据分析，开发了一组用于我们模型的特征，并建立了一个基准（baseline）来衡量性能。第二篇中，我们将讨论如何实现和比较Python中的几种机器学习模型，执行超参数优化，对最佳模型进行优选，并对测试集上的最终模型进行评估。

【干货】Python机器学习项目实战1（附代码）

【干货】Python机器学习项目实战2——模型选择，超参数调整和评估（附代码）

作者 | William Koehrsen

编译 | 专知

参与 | Yongxi, Yingying

用python完成一个完整的机器学习项目：第三部分

——Interpreting a machine learning model and presenting results

本系列的第一部分【1】中，讨论了数据清理、数据分析、特征工程和特征选择。第二部分【2】讨论了不同机器学习模型的比较，使用了交叉验证进行随机搜索的超参数优化，并对模型进行了评估。

项目的所有代码都在Github【3】上。对应的Jupyter文本链接可跳转查看【4】，希望大家能够分享、使用和构建这一系列代码。

注意，我们正在研究的是一个有监督的机器学习回归问题。利用纽约市建筑能源数据【5】，构建了一个模型，预测建筑物的能源星级得分。最终构建了梯度增强回归模型【6】，在测试数据的误差在9.1以内（1-100范围内）。

模型理解

模型由数百个决策树组成，通过梯度增强了回归的效果，虽然每个决策树都是可解释的，但这仍然是一个复杂的模型。我们将通过三种方式来了解我们的模型是如何预测的。

1、特征重要性【7】

2、单一决策树可视化

3、 LIME：Local Interpretable Model-Agnostic Explainations【8】

前两种方法是决策树特有的，而第三种方法可以广泛应用于任何机器学习模型。LIME是一个相对较新的包，目的是对机器学习预测进行解释【9】。

特征重要性

特征重要性分析是为了显示特征与预测目标任务的相关性。特征的重要性分析过程是相当复杂的，但我们可以使用相对值来比较哪些特征是最相关的，使用Scikit-Learn，可以从任意基于树结构的学习器中分析出特征的重要性程度。

我们的训练模型，可以使用model.feature_importances_方法来找出关键特征。并且可以将他们输入到pandas的数据帧中，并将前十位的关键特征显示出来。

import pandas as pd

# model is the trained model
importances = model.feature_importances_

# train_features is the dataframe of training features
feature_list = list(train_features.columns)

# Extract the feature importances into a dataframe
feature_results = pd.DataFrame({'feature': feature_list, 
                     'importance': importances})

# Show the top 10 most important
feature_results = feature_results.sort_values('importance', 
             ascending = False).reset_index(drop=True)

feature_results.head(10)

可以看出，EUI（能量使用强度）和归一化的天气电力强度（ Weather Normalized Site Electricity Intensity）是最重要的特征，占到重要性66%以上。从第三位特征开始，重要性明显下降，这表明我们并不需要使用所有的特征来获得更高效能。基于这些结果，我们可以回答最初的问题，建筑星级能源评分的最重要指标是EUI和归一化的天气电力强度。当我们想要读取更多的关键特征时【10】，这是种方法非常的有效，可以帮我们理解模型是如何运作的。

单一决策树的可视化

整个梯度增强回归器可能非常难以理解，但独立的决策树都非常的简单，我们可以使用Scikit-Learn函数export_graphviz【11】来可视化森林中的任意一棵决策树。

from sklearn import tree

# Extract a single tree (number 105)
single_tree = model.estimators_[105][0]

# Save the tree to a dot file
tree.export_graphviz(single_tree, out_file = 'images/tree.dot', 
                     feature_names = feature_list)

dot -Tpng images/tree.dot -o images/tree.png

即使这棵树只有6层，但是也很难看清。我们可以将调用修改为export_graphviz并将我们的树限制在更合理的两层

树中的每个节点都有四个属性信息：

1、一个数值判断表达式，来决定接下来该向左还是向右走

2、 Mse代表了节点的误差

3、 Samples表示样本数量

4、 Value表示节点中所有样例的估计值

（叶子节点只有2-4个，因为这代表了最终的估计值，并且没有任何的孩子节点。）

决策树通过从根节点对数据进行预测，逐渐遍历树中各个层次。例如，上述节点问题是：该建筑是否有一个小于或等于68.95的站点EUI？如果答案是肯定的，那么将进入右子节点，否则将进入左子节点。

这个过程在树中的每一层进行重复，直到叶子节点。随着树的深度增加，训练集上的误差都会减小，因为有更多的叶子节点，可以有助于更细粒度的划分，然而，层数太深将导致训练数据不够，而无法将预测能力推广到训练数据中。

在第二篇文章中【12】，我们对一些模型超参数进行了优化，这些模型控制了每棵树的各个方面，比如树的最大深度，和叶子节点所需的最小样本数量。这两点都对过拟合有巨大影响。对此，我们可以使用可视化工具展示出决策树的配置过程。

虽然我们无法对模型的每颗树都检查一遍，但可以了解每个独立决策树是如何作出预测的，这种基于流程图的方法看起来更像是一个人在做决定的方式：一次只回答一个问题。基于决策树的集合，整合了许多决策树的预测能力，创建了一个方差较小的精准模型。决策树的组合往往非常准确，而且很容易做出解释。

LIME，Local Interpretable Model-Agnostic Explanations

最后一个工具（LIME）将帮助我们理解模型是如何思考的。LIME目标是解释任意独立的机器学习模型【13】，方法是创建一个模型局部近似的模型，如线性回归，具体细节见链接【14】。

这里我们将使用LIME来考察模型预测错误的例子，以分析为什么模型会出错。首先，需要找出模型预测错误的样例，这可以通过训练与预测模型来提取。

from sklearn.ensemble import GradientBoostingRegressor

# Create the model with the best hyperparamters
model = GradientBoostingRegressor(loss='lad', max_depth=5, 
max_features=None,min_samples_leaf=6, min_samples_split=6, 
n_estimators=800, random_state=42)

# Fit and test on the features
model.fit(X, y)
model_pred = model.predict(X_test)

# Find the residuals
residuals = abs(model_pred - y_test)
    
# Extract the most wrong prediction
wrong = X_test[np.argmax(residuals), :]

print('Prediction: %0.4f' % np.argmax(residuals))
print('Actual Value: %0.4f' % y_test[np.argmax(residuals)])

Prediction: 12.8615
Actual Value: 100.0000

接下来，我们创建LIME解释器扫描训练数据、模型、训练标签以及数据特征的名称。最后，通过解释器对错误预测作解释，扫描观测以及预测函数。

import lime 

# Create a lime explainer object
explainer = lime.lime_tabular.LimeTabularExplainer(training_data = X, 
    mode = 'regression', training_labels = y,
    feature_names = feature_list)


# Explanation for wrong prediction
exp = explainer.explain_instance(data_row = wrong, 
  predict_fn = model.predict)

# Plot the prediction explaination
exp.as_pyplot_figure();

结果如图所示

图片解释如下：y轴的每个记录展示了该特征对预测结果的影响，红色和绿色的柱状图表示每个特征对预测的影响。例如，最上面的记录表示EUI高于95.90，为预测带来了40分的负向影响。第二条记录表示电力强度低于3.8，为模型预测带来了10分的正向影响，最终预测是一个截距项加上每一个单独的贡献之和。

我们也可以通过另一个解释器（.show_in_notebook()）得出相似的结论。

# Show the explanation in the Jupyter Notebook
exp.show_in_notebook()

左边的结果展示了各个特征值对预测的贡献程度，右边的表中展示了数据变量的真实值。这个例子中，模型预测结果为12，而真实值是100！最初的结果可能是令人费解的，但看着这个解释，我们可以发现这是一个合理的估计。Site EUI的值比较高，我们预计能量分数会很低（因为EUI与分数的关系非常强），我们的模型也给出了这个结论，在这种情况下，逻辑是错误的，因为该建筑的真实分数是100分。

当一个模型错误时，可能会非常令人沮丧，但是这种方法，能够帮助我们理解为什么模型是错误的。此外，基于这一解释，我们可以探究为什么这座建筑会有这样的分数。也可以从中学到些新的东西，这种工具可能并不完美，但可以帮助我们理解模型，从而帮助我们做出更好的决策。

记录工作与结果报告

技术项目经常会忽视文档和报告。即使可以做很好的分析，但是如果无法清楚的表达结果，那么就不会有任何影响！

当我们记录一个数据科学项目时，可以获取所有的数据和代码，这样项目就可以被其他的数据科学家重现。重要的是，代码比文档要更常用得多，我们应该保证他人可以清楚的理解我们的工作。这意味着在代码中加入有用的注释并解释推理过程将非常有意义。我发现Jupyter笔记本是一个很好的文档工具，因为它们可以一步一步的输入注释和代码。

Jupyter笔记本也是一个分享信息的好平台。使用Jupyter，我们可以将代码隐藏在最终报告中，因为并不是每个人都想在文档中看到一堆Python代码！

本项目的最终结果：

1、利用纽约能源数据，可以建立一个误差在9.1以内的模型，来预测建筑物的能源星级。

2、 EUI和电力强度是预测分数的最相关因素。

结论

在整个系列文章中，我们已经完成了一个完整的端到端的机器学习项目，通过数据清洗、模型建立，最后看到了如何解释一个机器学习模型。机器学习项目的总体结构如下：

1、数据清洗和格式

2、探索性数据分析

3、工程特性和选择

4、比较机器学习模型和性能指标

5、对最佳模型进行超参数调优

6、评估测试集上的最佳模型

7、解释模型的结果

8、得出结论，并完成报告

虽然具体步骤因项目而异，机器学习通常是一个迭代过程，而不是线性的过程，这份指南可以在你日后完成机器学习项目时，帮你提供思路。希望这个系列可能让你有信息实现自己的机器学习解决方案。如果需要，有很多社区可以供你寻求建议。

在我学习的过程中，发现了一些很有用的资源

1、学习使用scikit-Learning和Tensorflow(这本书的Jupyter笔记本电脑可以免费在线免费使用)!【15】【16】

2、统计学习介绍【17】

3、 Kaggle:数据科学和机器学习的发源地【18】

4、很好的入门教程，用于实践数据科学编码【19】

5、 Coursera:免费和付费课程【20】

6、 Udacity:付费编程和数据科学课程【21】

参考链接：

1.https://mp.weixin.qq.com/s/KG3Euvj0OT02IuahjhswYA

2.https://mp.weixin.qq.com/s/nA30l8avTIzA6H8p81QOmg

3.https://github.com/WillKoehrsen/machine-learning-project-walkthrough

4.https://github.com/WillKoehrsen/machine-learning-project-walkthrough/blob/master/Machine%20Learning%20Project%20Part%203.ipynb

5.http://www.nyc.gov/html/gbee/html/plan/ll84_scores.shtml

6.http://blog.kaggle.com/2017/01/23/a-kaggle-master-explains-gradient-boosting/

7.http://scikit-learn.org/stable/auto_examples/ensemble/plot_forest_importances.html

8.https://github.com/marcotcr/lime

9.https://pdfs.semanticscholar.org/ab4a/92795ee236632e6dbbe9338ae99778b57e1e.pdf

10.http://parrt.cs.usfca.edu/doc/rf-importance/index.html

11.http://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.tree.export_graphviz.html

12.https://towardsdatascience.com/a-complete-machine-learning-project-walk-through-in-python-part-two-300f1f8147e2

13.https://www.oreilly.com/learning/introduction-to-local-interpretable-model-agnostic-explanations-lime

14.https://arxiv.org/pdf/1602.04938.pdf

15.http://shop.oreilly.com/product/0636920052289.do

16.https://github.com/ageron/handson-ml

17.http://www-bcf.usc.edu/~gareth/ISL/

18.https://www.kaggle.com/

19.https://www.datacamp.com/

20.https://www.coursera.org/

21.https://www.udacity.com/

原文链接：

https://towardsdatascience.com/a-complete-machine-learning-walk-through-in-python-part-three-388834e8804b

代码链接：

https://github.com/WillKoehrsen/machine-learning-project-walkthrough/blob/master/Machine%20Learning%20Project%20Part%203.ipynb

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