全基因组测序数据获取后应该怎么分析？

请使用：HiCExplorer^[1]

之前曾经使用hic处理过基因组数据，做相关疾病的预测实验

使用的方法具体可以参考^[2]：

简述如下^[3]：

1.比对reads，并作映射到参考基因组上

2.建立Hic交互矩阵

3.矩阵矫正

4.HeatMap绘制

5.PCA降维---主成分分析

6.基于以上结果寻找TAD

如下图所示：根据TAD的分割评价指标进行分析

参考

1. ^[1] https://link.springer.com/content/pdf/10.1186/s13059-017-1253-8.pdf
2. ^[2] https://hicexplorer.readthedocs.io/en/latest/
3. ^[3] https://www.jianshu.com/p/5ec9f3fcab93